Первые поселения на месте Пицунды появились ещё в IV веке до н. э. Предположительно, они принадлежали индоевропейским (реликтовым индоарийским) синдо-меотским племенам.

По одной из версий, название древнего города восходит к индоар. *pitunda — сосновая.

Позднее греками на мысе был основан античный город и порт Питиунт (др.-греч. Πιτυοῦς, Сосновый). В конце II — начале I века до н. э. он входил в Понтийское царство.

С конца I в. до н. э. в Пицунде располагалась римская крепость, а с IV века здесь был основан один из центров христианства на Кавказе. В 407 году по дороге в Пицунду скончался Св. Иоанн Златоуст, архиепископ Константинопольский. Под алтарём Пицундского собора ему была устроена гробница, в которой хранилась частица мощей святого, оставленная во время перенесения их в Константинополь.

В 780-х годах Питиунт вошёл в Абхазское царство, а с конца X века — в состав объединённого Абхазо-Грузинского государства. С XI века Пицунда упоминается в грузинских источниках под именем Бичвинты.

В XIV—XV века здесь находилась генуэзская фактория Пецонда (итал. Pezonda).

В XVII—XVIII века город находился под властью Османской империи, а с начала XIX века вместе с Абхазией вошел в состав Российской империи.

Археологические раскопки 1950-х годов открыли остатки храмов (в том числе базилики IV—V веков с мозаиками пола), крепостных и жилых сооружений, бань.