Город Новый Афон имеет древнюю историю. Первые упоминания о нём относятся к III веку — уже тогда Анакопия (Трахея) была крупнейшим торговым пунктом. Раскопки показывают высокий уровень материальной культуры жителей Анакопии. В V веке абхазы построили на Апсарской (Иверской) горе крепость, названную Иверской.

В XIII—XVI веках на территории Нового Афона существовала генуэзская колония Никопсия. До нашего времени сохранилась генуэзская башня, входившая в комплекс береговых укреплений.

В 1874 году в долину реки Псырцхи прибыли русские монахи из Пантелеймоновского монастыря Старого Афона в Греции, которые в 1875 у подножия Афонской горы основали монастырь, названный Ново-Афонским Симоно-Канонитским.

Во время русско-турецкой войны 1877—78 года строительство монастыря было приостановлено, постройки разрушены турками, возобновлено возведение в 1879 году.

Строительство монастыря было, в основном, закончено к 1896 году. Объём работ был колоссальным, для расчистки площадки необходимо было срезать часть горы и вывезти десятки тысяч тонн земли и горной породы. Задача усложнялась тем, что место будущего монастыря находилось на значительном возвышении и не имело удобных подъездных путей. Большая часть стройматериалов доставлялась по морю как из России, так и из-за рубежа (например, черепица для кровли делалась во Франции, в Марселе). В строительстве участвовал император Александр III: музыкальные куранты самой высокой башни (колокольня в центре западного корпуса) Ново-Афонского монастыря являются его подарком.

В 1880—1910 годах монахами были построены узкоколейная железная дорога на Афонской горе, канатные дороги на вершины Иверской и Афонской горы, плотина на реке Псырцхе с одной из первых в России гидроэлектростанций. Заболоченная и заросшая колючим кустарником долина реки была расчищена и превращена в парк с каналами, системой прудов, в которых разводили зеркальных карпов. На склонах гор монахи разбили фруктовые сады, в которых выращивали яблоки, мандарины, оливки и даже бананы.

В 1924 году правительство Советской Абхазии закрыло Ново-Афонский монастырь за контрреволюционную агитацию. Позднее его здания использовались как склады, пансионат, кинотеатр. Вновь монастырь открыл свои ворота лишь в 1994 г. В 2004—2010 г. на средства Русской Православной Церкви в монастыре проводились масштабные ремонтно-реставрационные работы.

В 1930-х годах в Новом Афоне построена так называемая государственная дача, на которой неоднократно отдыхал И.В. Сталин, а также другие руководители СССР. В настоящее время там действует музей, проводятся экскурсии.

В 1975 году в Новоафонской пещере открыта Новоафонская пещерная железная дорога. Она предназначена для доставки туристов в пещеру внутри Апсарской (Иверской) горы во время курортного сезона (с мая по ноябрь). Имеет длину 1,3 км и 3 станции: «Входные ворота», «Зал Апсны» и «Зал Анакопия» (до 1992 — «Зал Тбилиси»).